До Японії 1990-х років прибувають люди з далекого майбутнього і заявляють, що якщо Годзіллу не знищать, то незабаром він стане причиною глобальної ядерної катастрофи. Для усунення такої загрози вони пропонують повернутися в минуле і ліквідувати Годзіллу до його мутації в непереможного динозавра. Однак незабаром з'являється нова проблема - в особі триголового дракона Кінг Гідори.